ملاتونین ممکن است با برخی داروها تداخل داشته باشد، از جمله:

• داروهای خواب‌آور و آرام‌بخش، مانند دیازپام و زولپیدم.
• برخی داروهای ضدافسردگی، به‌ویژه فلووکسامین.
• داروهای ضدانعقاد خون، مانند وارفارین.
• برخی داروهای ضدتشنج، آنتی‌بیوتیک‌ها و داروهای کنترل فشارخون.

پیش از مصرف هم‌زمان ملاتونین با داروها یا مکمل‌های دیگر، با پزشک یا داروساز مشورت کنید.